남미의 페루연안에서 적도에 이르는 태평양상의 수온이 3∼5년을 주기로 상승, 세계각지에 홍수·가뭄·폭설 등을 몰고 오는 기상이변 현상을 말한다. 엘리뇨의 발생원인은 아직 밝혀지지 않고 있으나 일단 발생하면 캐나다 같은 북부는 이상난동 현상을, 멕시코만을 비롯한 남동부에는 이상강우를 초래하는 것으로 알려졌다. 엘니뇨 현상의 시기와 강도는 매우 다양하다. 1525년 이례적으로 사막에 비가 내린 것이 처음 기록된 것은 스페인 정복자인 프란시스코 피사로가 페루 북부에 상륙했을 때였다. 사학자들은 스페인인들이 사막의 비와 식물들에 적응해 생활했기 때문에 잉카 제국을 좀더 쉽게 정복할 수 있었을 것이라고 말한다. 엘니뇨 현상의 강도는 매우 다양해 약간의 온도이상(2~3℃)으로 일부 지역에 약간의 영향을 미치는 경우도 있지만, 심한 온도이상(8~10℃)으로 전세계의 기후변동을 일으키는 경우도 있다. 엘니뇨 현상은 전형적으로 3~5년 간격으로 일어나며, 강한 엘니뇨 현상은 그보다 더 드물게 나타난다. 그러나 엘니뇨 현상의 주기는 매우 다양하고, 해양 조석이 일정한 주기를 갖거나 예측할 수 있는 것에 반해서 이 현상은 비주기적이고 예측할 수 없다. 1972~73년에 일어난 엘니뇨 현상은 지역 경제에 타격을 주었을 뿐만 아니라 세계의 상품 시장에도 영향을 미쳤다. 적도 부근의 태평양 바닷물이 따뜻해지면 대기에도 대규모적인 이상현상이 유발된다. 반대로 이 지역에서 무역풍이 강화되어 동태평양 해역에서 평상시보다 용승이 강해지면, 동태평양 해역의 수온이 평상시보다 낮아지는 라니냐 현상이 발생한다. 라니냐 현상이 발생하면 적도 서태평양과 동태평양 간의 표층 수온의 차는 더 커져 여러 가지 기상이변을 일으킨다. 스페인어로 남자아이와 여자아이를 뜻하는 엘니뇨 현상과 라니냐 현상은 기권과 수권의 상호 작용의 대표적인 예이다. 대기의 순환이 해류의 순환에 변화를 일으키고, 해류의 변화가 다시 대기 순환에 영향을 미치는 것이다. 적도 해역의 수온 분포 변화는 대기 대순환의 체계를 변화시켜 전 지구의 기후 변화를 초래한다.
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